El lugar en el que ahora se encuentra el museo fue un sótano de una gran construcción romana, posiblemente un templo en honor a la diosa Minerva.
En el interior se pueden admirar algunos de los fascinantes restos del pasado histórico de Almuñécar, como la colección de numerosos objetos provenientes de las necrópolis de Puente de Noy y Laurita o la factoría de salazón de El Majuelo .
Pero la pieza más importante desde el punto de vista arqueológico es el bellísimo vaso egipcio del s.XVII a.C. . Esculpido en cuarzo solido, fue descubierto en una casa local.
Las inscripciones jeroglíficas que se pueden ver, demuestran que perteneció a la época del faraón Apofis I de la dinastía de los Hixos.
Numerosos arqueólogos piensan que es el objeto que presenta algún tipo de escritura más antiguo de España.
Además se han encontrado numerosos objetos fúnebres que van desde urnas, hasta joyas que formaban parte del ajuar funerario..
El arte fenicio también esta representado por esculturas y objetos de adorno como diademas y anillos.